15岁的古畑任三郎从东京转学来到一个山村。对福尔摩斯侦破小说情有独钟的他在朋友向岛的鼓动下开设了一家少年侦探所。因搭救向岛于困境而在学校名声大振的古畑侦探所，刚一开设，事件委托人就络绎不绝，纷沓而至。古畑也因此每晚都会因各种原因离开侦探所所处的小木屋。不曾想，这一连串事件的背后隐藏着一个骇人听闻的大阴谋…
